Conformément aux dispositions du Décret n°2014-1889 du 10 Décembre 2014, le cadre institutionnel de mise en œuvre du PIC2 comprend un Comité National de Pilotage incluant la Présidence, le Ministère de l'Intérieur et de la Décentralisation, le Ministère de l'Agriculture, de l'Elevage et de la Pêche, le Ministère du Commerce et de la Consommation, le Ministère du Tourisme et du Transport, le Ministère de l'Eau, de l'Assainissement et de l'Hygiène, ainsi que le Ministère auprès de la Présidence en charge des Projets Présidentiels, de l'Aménagement du Territoire et de l'Equipement, qui en assure la présidence.

La coordination et la mise en œuvre du Projet sont assurées par une Unité d'Exécution centrale qui dispose d'Unités Régionales dans les Régions d'intervention.