Conformément aux dispositions du Décret n°2014-1889 du 10 Décembre 2014, le cadre institutionnel de mise en œuvre du PIC2 comprend un Comité National de Pilotage incluant la Présidence, le Ministère en charge de l'Intérieur et de la Décentralisation, le Ministère en charge de l'Agriculture, le Ministère en charge du Commerce, le Ministère en charge du Tourisme, le Ministère en charge de de l'Eau, ainsi que le Ministère en charge de l'Aménagement du Territoire, qui en assure la présidence jusqu'en Septembre 2019. Le Ministère en charge du finance présidera le comité national de Pilotage à partir de novembre 2019

La coordination et la mise en œuvre du Projet sont assurées par une Unité d'Exécution centrale qui dispose d'Unités Régionales dans les Régions d'intervention.